20 января 2003 года состоялось торжественное открытие первой очереди школы № 12 на Скомороховой горе по проекту, разработанному в Чехии. Ее строительство было начато в 1990 году по инициативе бывшего генерального директора моторостроительного завода Валерия Аникина. Он в сложный период перестройки и развала экономики социалистического государства, в отличие от многих хозяйственных руководителей, не считал социальную сферу обузой.

Со временем ситуация изменилась, и как отметил на церемонии открытия губернатор Анатолий Лисицын, школа имела все шансы остаться недостроенной. Но благодаря  достигнутому соглашению между администрацией области, муниципального округа и руководством моторостроительного завода, дело не застопорилось в трудный момент. 
  Губернатор Анатолий Лисицын, глава округа Борис Степанов и генеральный директор АО «Рыбинские моторы» Юрий Ласточкин в начале 2001 года заключили союз, основанный на взаимных  интересах и выгодах. Партнеры определились с финансированием из областного и муниципального бюджетов, о доле моторостроителей. И вот через четыре года, после заключения соглашения, первая очередь школы введена в строй.

Первоначально строительство школы предполагалось полностью, но после было распределено на 3 этапа:
1-ый этап – строительство «Восточного» корпуса.
2-ой этап – строительство «Западного» корпуса.
3-ий этап – окончание строительства всего комплекса и благоустройство территории школы.

В 2001 году школа была открыта на базе школы № 5, с классами, набранными для обучения в ней. Школа начала свою работу.

Торжественное открытие школы началось с освещения храма знаний, которое совершил настоятель Вознесенского – Георгиевской церкви отец Павел и традиционного разрезания красной ленточки. Право разрезать ленточку вместе с губернатором выпало первокласснице Корчагиной Маше. Затем гости праздника «Школа нашей мечты» посмотрели в красивом и большом универсальном зале школы концерт, в котором принимали участие: концертный хор «Соколята», шоу-группа «Алиса», студия бального танца Д/К «Авиатор» и, конечно, учащиеся школы № 12. В подготовке сценария большое участие принимала заведующая отделом общего образования ДДОМ Быстрова Елена Викторовна.

Анатолий Лисицын назвал открытие этой школы, которой нет аналогов в России, прорывом в будущее.